EC実費帳

最終更新 ・料金の基準日はページ内の表に記載

BASE・Shopifyの売上を会計ソフトに取り込む方法（freee・マネーフォワード・弥生）

注文が月に数十件を超えると、売上を1件ずつ会計ソフトに打ち込むのはきつくなります。

「連携」できれば楽になります。ただ、同じ会計ソフトでもBASEとはつながるのにShopifyとはつながらない、ということがあります。この記事では、3社の公式ヘルプで確認できた範囲だけを並べます。

結論（2026年11月14日に各社の公式ページで確認）

3社×2サービスの対応表

会計ソフトBASEShopify
freee自動連携あり（売上・決済手数料・送料・キャンセル・売上金の引き出しにかかる手数料など）freee公式ヘルプでは確認できず。Shopify App Storeに第三者が提供する有料の連携アプリあり
マネーフォワード自動連携あり（「対応済」の売上。決済手数料・送料・値引きは内訳として取得）2023年6月30日に連携終了。仕訳帳へのインポートか手入力
弥生スマート取引取込の連携先として公式で確認できず。CSVを弥生インポート形式で取り込み同左

基準日：2026年11月14日。出典は記事末尾の各社公式ヘルプ。弥生のスマート取引取込で公式に案内されているEC系の連携先は、Amazonビジネス・STORES・USENレジでした。

会計ソフトそのものの料金や機能の違いは、会計ソフト3社比較と年額比較ツールで扱っています。

BASEの売上を取り込む

BASEの公式ヘルプでは、確定申告のための売上確認の方法として「売上管理 by マネーフォワード App」「売上管理 by freee（フリー）App」が案内されています。BASE側でAppを入れて、会計ソフトとつなぐ形です。

freeeの場合

freeeの公式ページには「BASEの売上や決済手数料なども、注文ごとにfreee会計へ同期連携することが可能」とあります。freeeのヘルプ記事「BASE（ベイス）の売上データを取り込む」によると、取り込まれるのは商品の売上、決済手数料、送料、キャンセル、売上金の引き出しにかかる手数料などです。

インボイス（適格請求書）は自動では連携されません。必要な場合は、BASE側で保存するよう案内されています。

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マネーフォワードの場合

マネーフォワード クラウド確定申告のFAQには、次のように書かれています。

発送日で売上が入るので、注文日で数えている人は、管理画面の月ごとの数字と会計ソフトの数字がずれることがあります。

マネーフォワード クラウド確定申告の公式ページ【PR】

連携を使わない場合

BASEの「売上データダウンロード App」で、発送済みの売上・振込申請・入出金履歴・費用をCSVで出せます。期間はショップ開設日から抽出日の前日まで選べて、準備ができると登録メールアドレスに通知が届きます。列の意味と仕訳の形は売上・決済手数料・送料の仕訳の例で書きました。

Shopifyの売上を取り込む

Shopifyは、3社とも会計ソフト側の公式ヘルプで自動連携を確認できませんでした。

ShopifyからCSVを出す

欲しいもの管理画面での場所受け取り方
注文の一覧注文管理 → エクスポート → 日付で範囲を指定50件までは端末にダウンロード。それより多いときや日付指定ではメールで届く
入金ごとの明細ファイナンス → 支払い → 入金を選ぶ → エクスポートメールで届く。取引日・金額・手数料・正味額・入金日などの列

基準日：2026年11月14日。Shopifyヘルプセンター「注文をエクスポートする」「Shopifyペイメントの入金明細の表示とエクスポート」をもとに作成。メニュー名は管理画面の表示で変わることがあります。

会計ソフトに入れるときは、入金明細の方が使いやすいです。売上（金額）と手数料が同じ行に並んでいて、入金日ごとにまとまっているからです。

弥生でCSVを取り込むときの注意

弥生会計 オンラインのサポート情報では、CSVかテキストファイルが「弥生インポート形式」に従っていれば取り込める、とあります。BASEやShopifyのCSVはそのままでは形式が違うので、列を並べ替える作業が要ります。

サポート情報に書かれている主な制限です。

やよいの青色申告 オンラインで同じ形式がそのまま使えるかは、このページからは確認できませんでした。使う前に、自分の製品のサポート情報を見てください。

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連携しても残る手作業

自動連携でも、全部が終わるわけではありません。公式ヘルプから読み取れる「残る作業」です。

ネットショップ側の手数料が月にいくらかかっているかは、手数料計算ツールで月商と件数から出せます。

運営者はBASEとfreeeを連携して使っています。売上の取り込みは自動で、連携したあとに手で直す作業も、運営者の場合は特にありませんでした。

この記事は各サービスの機能の説明です。記帳や申告のしかたの個別の判断は、税理士または税務署にご相談ください。

出典